Adana ve Hatay’da çeşitli okullarda uzun süre öğretmen ve okul müdürü olarak görev yapmıştır. 1989 yılında Hatay İl Milli Müdürlüğüne atanmış ve beş yıl Hatay İl Milli Eğitim Müdürü olarak görev yapmıştır. Daha sonra Yozgat İl Milli Eğitim Müdürlüğüne tayin edilen Ömer Balıbey, burada iki yıl Milli Eğitim Müdürü olarak görev yaptıktan sonra, 5 Ağustos 1996 yılında İstanbul İl Milli Müdürlüğü görevine başlamıştır. 24 Temmuz 2006 yılında Milli Eğitim Bakanlığı Öğretmen Yetiştirme ve Eğitimi Genel Müdürlüğüne Genel Müdür olarak atanmış, 40 yıl Milli Eğitim Bakanlığının her kademesinde görev yaptıktan sonra 3 Şubat 2015 yılında kendi isteği ile emekliye ayrılmıştır. Şu anda Kocaeli Sağlık ve Teknoloji Üniversitesi Mütevelli üyesi ve İcra Kurulu üyesidir.  Yazmış olduğu "İdeal Öğretmen" kitabı İş Bankası Yayınları tarafından bastırılmış ve dağıtılmıştır. Evli ve 3 çocuk babasıdır.